Berangkat dari beberapa konsep sebuah organisasi yang baik dan demi kelancaran sebuah proses pembelajaran, maka di STIT Balikpapan juga membentuk organisasi kepengurusan yang bertujuan agar ada pembagian kerja yang jelas, dan tercapainya sebuah tujuan pendidikan secara baik. Berikut struktur organinasi di STIT Balikpapan Peridode 2021 – 2026